Jedną z najważniejszych pozaprodukcyjnych funkcji lasów jest ochrona przyrody. Lasy są domem dla niezliczonej liczby gatunków zwierząt i roślin, są spójnym, jednym, tętniącym życiem organizmem połączonym siecią zależności między ekosystemami, gatunkami i pojedynczymi organizmami, zachowując równowagę i gwarantując ich przetrwanie. Polskie lasy znane są w całej Europie ze względu na swoje wysokie walory przyrodnicze, bogactwo gatunków, które nazywamy bioróżnorodnością.

Najciekawsze i najbardziej wartościowe fragmenty lasów objęte są powierzchniowymi formami przyrody. Największe z nich, obejmujące nierzadko całe kompleksy leśne, puszcze i uroczyska to obszary Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000, a więc obszary mające znaczenie nie tylko w naszym kraju ale i dla całej Wspólnoty Europejskiej.

Na terenie poznańskiej dyrekcji ustanowiono aż 37 obszarów Natura 2000 mających znaczenie dla Wspólnoty (70, 7 tys. ha w 25 nadleśnictwach) i 13 obszarów Natura 2000 specjalnej ochrony ptaków (78,1 tys. ha, w 20 nadleśnictwach).

Ich zadaniem jest ochrona miejsc o wysokich walorach przyrodniczych, związanych z występowaniem rzadkich siedlisk przyrodniczych bądź gatunków, które uważa się za cenne i zagrożone w skali całej Europy. Drugim celem tworzenia takich obszarów jest ochrona różnorodności biologicznej.

O tym jak dobrze zachowane są polskie lasy świadczy fakt, iż blisko 40% Lasów Państwowych objętych jest obecnie programem Natura 2000. Wśród wielu cennych siedlisk na uwagę zasługują zwłaszcza zanikające w Europie podmokłe lasy łęgowe, torfowiska wysokie czy żyzne lasy grądowe.

Ustanowienie Dnia Dzikiej Fauny, Flory i Naturalnych Siedlisk ma na celu przypominanie krajom unijnym o ich obowiązkach wobec przyrody.

Podstawą funkcjonowania programu Natura 2000 są dwie unijne dyrektywy tzw. Dyrektywa ptasia i Dyrektywa siedliskowa:

• Dyrektywa ptasia (Dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady 2009/147/WE z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa - wcześniej Dyrektywa Rady 79/409/EWG z dnia 2 kwietnia 1979 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa) - określa kryteria do wyznaczania ostoi dla gatunków ptaków zagrożonych wyginięciem;
• Dyrektywa siedliskowa (Dyrektywa Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory) - ustala zasady ochrony pozostałych gatunków zwierząt, a także roślin i siedlisk przyrodniczych oraz procedury ochrony obszarów szczególnie ważnych przyrodniczo.

Obecnie w Polsce sieć Natura 2000 zajmuje prawie 1/5 powierzchni lądowej. W jej skład wchodzi 849 obszarów mających znaczenie dla Wspólnoty (obszarów "siedliskowych" - przyszłych specjalnych obszarów ochrony siedlisk), a także 145 obszarów specjalnej ochrony ptaków.